Выставка "Утраченный Вавель" располагается на нижних этажах бывших королевских кухонь. Она состоит из археологическо-архитектурного резервата и экспозиции предметов, найденных во время раскопок и ремонтных работ. Неотъемлемым элементом выставки является частично реконструированный старейший костёл Вавеля - ротонда Св. Девы Марии (Св. Феликса и Адаукта), возведённая в X или XI веке. Выставку дополняют реконструированные фундаменты костёлов Св. Михаила на дворе перед замком.

В зале возле вестибюля можно посмотреть компьютерную "Виртуальную реконструкцию вавельского холма периода X-XII веков" - это попытка воссоздания каменных строений на Вавеле тех времён. Основой для компьютерной модели послужили археологические, архитектурные и реставрационные сведения из исторических документов.